| 1918年4月 | |
| 成立『媽宮公學校』雞母塢分教場 | |
| 1922年4月 | |
| 升格獨立為『馬公第二公學校』並設置『風櫃尾分教場』 | |
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第1任校長矢部幸平(1922.4) |
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第2任校長太田不二雄(1924.7) |
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第3任校長安井真之助(1925.7) |
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第4任校長宮崎徹雄(1927.7) |
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第5任校長濱石秀雄(1928.7) |
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第6任校長安井真之助(1929.8) |
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第7任校長白木芳男(1930.7) |
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第8任校長林虎治郎(1931.7) |
| 1932年4月 | |
| 降為『馬公第二公學校』雞母塢分教場 | |
| 1939年4月 | |
| 獨立為『馬公第三公學校』 | |
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第9任校長土板正夫(1939.4) |
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第10任校長有田榮之助(1940.4) |
| 1941年4月 | |
| 改稱『澎湖廳圓頂國民學校』 | |
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代理校長藤村晃(陳領先生) (1942.9 |
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第11任校長大峰茂嗣(洪含蓄先生) (1943.4) |
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代理校長菅村欣一(許瑤琴先生) (1945.5) |
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| 1946年1月 | |
| 改稱『澎湖縣馬公鎮圓頂國民學校』 | |
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第1任校長許瑤琴先生(1946.4) |
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設立時裡分班(1951.9) |
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第2任校長許靜觀先生(1954.8) |
| 1954年9月 | |
| 改稱為『澎湖縣馬公鎮五德國民學校』 | |
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時裡分校獨立為『時裡國民學校』(1954.9) |
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第3任校長許春波先生(1957.9) |
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設立鎖港分校(1958.9) |
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鎖港分校獨立為『山水國民學校』(1967.9) |
| 1968年8月 | |
| 改稱為『澎湖縣馬公市五德國民小學』 | |
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第4任校長楊積蓄先生(1971.9) |
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設立啟智班實施智能不足兒童教育(1980.9) |
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第5任校長許丁現先生(1985.9 ) |
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代理校長呂永福先生(1990.2) |
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第6任校長趙溫柔先生(1991.4) |
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第7任校長曾長文先生(1991.8) |
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第8任校長許清命先生(1994.8) |
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第9任校長陳恩賞先生(1997.8) |
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第10任校長周西和先生(2005.8) |